Nem chua Yên Mạc có nguồn gốc từ cung đình vào thời nhà Nguyễn. Tương truyền, quan Thượng Thư Phạm Thận Duật có người con cái tên là Phạm Thị Thư. Chính bà đã sang tạo ra món nem này dựa trên món nem chua cùng đình Huế triều Nguyễn
Câu chuyện về sự ra đời của nem chua Yên Mạc được người dân truyền lại hết sức ly kỳ.
- Bà Phạm Thị Thư thấy cha mình là quan Thượng Thư Phạm Thận Duật lúc bấy giờ rất thích uống rượu với món nem chua Huế. Vì vậy, bà đã học hỏi các đầu bếp để tự sang tạo món nem chua cho cha.
- Các vị quan khách mỗi kho đến nhà cụ Phạm chơi. Đều được gia đình thiết đãi món nem chua cho chính con gái của cụ làm. Ai cũng tấm tắc khen ngon hơn cả nem chua gốc cung đình Huế. Khác khi ra về cũng thường được cụ Phạm biếu nem mang về. Có người đi cả một ngày đường cũng chỉ để được thưởng thức món ăn này
- Sau này khi bà Thư trở về quê đã truyền nghề làm nem cho chắt cụ Phạm Thận Duật là cụ ông Phạm Xủy. Ông Xủy đã mở một quán bán nem chua ở phố Cầu Bút, xã Yên Mạc. Lâu dần tiếng đồn về loại nem này lan sang các khu vực lân cận. Được gọi với cái tên nem chua Yên Mạc
- Các quan phủ, quan tỉnh Ninh Bình có tiệc tùng, đình đám, đều sai người về Yên Mạc mua nem chua. Du khách đi qua cầu Bút đều mua nem chua về làm quà. Đến nay, nem chua Yên Mạc vẫn nức tiếng trong vùng, trở thành một đặc sản Ninh Bình.